| BN_KEY |
Ny primær nøgle. Nyt felt til import i BioNumerics; feltet KEY |
| N |
Numerisk felt til C_NR og BN_KEY |
| YEAR |
Angiver året for infektion eller primær prøvetagning (= sygdomsdebut) |
| C_NR |
Unikt nummer for hver prøve. Ved blandingskulturer forlænges C-nr med A, B, C osv |
| D_nummer |
Nyt felt i 2008 til D numre, som opbevares ved minus 80 gr C. Kan kobles til coliteststammer |
| MODTAGET |
Dato for modtagelse i laboratoriet |
| AFSENDERNR |
Afsenderens originale prøvenummer |
| AFSENDER |
Afsenders navn |
| NAVN |
Patientens fornavn |
| EFTERNAVN |
Patienten efternavn |
| CPR |
CPR nummer/fødselsdato |
| AFSENDTYPE |
Oplysning fra afsender om det indsendte. Udvidet fra 25 til 50 02-09-09 FSC |
| DYR_MATR |
Prøvens oprindelse og evt. sygdomsbillede |
| LAND |
Det land, som prøven kommer fra. ISO kode |
| OTYPE |
Fænotypisk bestemmelse af O antigenet. Se dokument i ContextDocumentation\docCollection1\4\2.tif |
| KTYPE |
Fænotypisk bestemmelse af K antigenet. Se dokument i ContextDocumentation\docCollection1\4\2.tif |
| HTYPE |
Fænotypisk bestemmelse af H antigenet. Se dokument i ContextDocumentation\docCollection1\4\2.tif |
| HAEMOLYSIN |
Karakterstreng, der indeholder aflæsning af hæmolyse på fåreblodsplade; oversættes til resultat i feltet HLY |
| Sorbitol |
1 for positiv inden for 24 timer; 2 for negativ indenfor 24 timer ; 3 for negativ efter 14 dage. Kun en begrænset periode 25-09-2012. |
| KOMMENTAR |
Frit tekst felt |
| VCA |
Vero celle assay |
| VT1 |
NTP705. Verotoksin 1; Næsten identisk med Shiga-toksinet; Dot blot hybridisering |
| VT2 |
DEP28. Verotoksin 2; Variable former findes. Ca. 60% homologi til vtx1; Dot blot hybridisering |
| VT2f |
PCR fragment fra SSI klinisk isolat C 548-06, serotype O145:H34 med primers F4f/R1-efDot blot hybridisering |
| EAE |
CVD434. E. coli ”attaching and effacing gene” probe. eae genet koder for intimin, der medfører læsion af tarmepitelcellerne; Dot blot hybridisering |
| EAF |
JPN16. EPEC Adherence Factor gene probeDot blot hybridisering |
| BFP |
MSD207. Bundle forming pilus gene probeDot blot hybridisering |
| EHEC |
ehxA: CVD419. Plasmidkodet enterohæmolysin; Dot blot hybridisering |
| EAGG |
CVD432. Plasmid markør for Enteroaggregative E. coli. svarer til aatA genet, der koder for dispersin (aap) transport proteinet; Dot blot hybridisering erstattes af aatA fra 1-11-2007 |
| aata |
PCR amplifikat ved Nadia Boisen. Genet koder for dispersin (aap) transport proteinet, der er en god plasmid markør for Enteroaggregative E. coli; Dot blot hybridisering erstatter EAGG fra 1-11-2007 |
| aaiC |
PCR amplifikat ved Nadia Boisen. Kromosomalt gen markør for Enteroaggregative E. coli.; Dot blot hybridisering; Indført fra 1-11-2007 |
| aggR |
PCR amplifikat ved Nadia Boisen. Genet koder for plasmid kodet master regulator i Enteroaggregative E. coli; Dot blot hybridisering; Indført fra 1-11-2007 |
| saa |
PCR amplifikat ved James PAton. STEC Autoagglutinating adhesin; Dot blot hybridisering |
| EAST1 |
pSS126. Enteroaggregativt varmestabilt toksin (EAST1); Dot blot hybridisering af genet astA |
| DA |
daaC: SLM862. Diffuse Adherence (DA). Adhesinet F 1845; Dot blot hybridisering |
| EIEC |
PS2.5. Invasivt plasmid i Enteroinvasive E. coli; Dot blot hybridisering |
| IPAH |
WR390. Invasion plasmid antigen. Gener i flere kopier på både kromosom og plasmid; Dot blot hybridisering |
| STH |
estAh: DAS100. Varmestabilt enterotoksin (human variant) STh (STIb); Dot blot hybridisering |
| STP |
estAp: DAS101. Varmestabilt enterotoksin (porcin variant) STp (STIa); Dot blot hybridisering |
| LT |
eltI: G119. Varmelabilt enterotoksin (LT); Næsten identisk med kolera-toksinet; Dot blot hybridisering |
| vtx1_SEQ |
PCR: stx1-seq-F1/stx1-seq-R1. Uden dataindhold |
| vtx1_DET |
PCR: stx1-det-F1/stx1-det-R1. Uden dataindhold |
| vtx1a |
PCR: stx1a-F1/stx1a-R2. Uden dataindhold |
| vtx1c |
PCR: stx1c-F1/stx1c-R1. Uden dataindhold |
| vtx1d |
PCR: stx1d-F1/stx1d-R2. Uden dataindhold |
| vtx2_OMNI |
PCR: F4/R1/F4f/R1-ef i en reaktion eller hver for sig. Uden dataindhold |
| vtx2a |
PCR: vtx2a-F2/ vtx2a-R2; vtx2a-R3. Uden dataindhold |
| vtx2b |
PCR: vtx2b-F1/ vtx2b-R1. Uden dataindhold |
| vtx2c |
PCR: vtx2c-F1/ vtx2c-R2. Uden dataindhold |
| vtx2d |
PCR: vtx2d-F1/ vtx2d-R1 / vtx2d-O55-R / vtx2d-R2. Uden dataindhold |
| vtx2e |
PCR: vtx2e-F1/ vtx2e-R2 eller F4/R1-ef. Uden dataindhold |
| vtx2f |
PCR: vtx2f-F1/vtx2f-R1; VT2 subtype bestemt ved PCR; Søren Persson har primere, normalt negativ med mPCR og prober. Også PCR med vtx2f-F1/ vtx2f-R1 eller F4f/R1-ef. Uden dataindhold |
| vtx2g |
PCR: vtx2g-F1/ vtx2g-R1. Uden dataindhold |
| vtx_sub |
Subtype: vtx1a, c eller d, + vtx2a, b, c, d, e, f eller g; Når der står VT (i stedet for vtx) er subtypen bestemt ved RFLP |
| vtx_GELnr |
Gel nummer til vtx subtypning både vtx1 og vtx2 subtypning. Uden dataindhold |
| vtx_genes_ALL |
Alle vtx variant gener samlet, hvis der er sekventeret. Uden dataindhold |
| MRK |
Type af undersøgelse: REF = Reference; FSK = Forskning; BET = Betaling; TMB = Tarmbakteriologisk lab (SSI); UDB = Uden betaling; EQA = Ekstern kvalitetsprøvning mmm |
| MRK_tolkning |
Tolkning af feltet MRK |
| FTYPE |
Fænotypisk bestemmelse af F antigenet; Udvidet fra 20 til 35 nov 2008; |
| UNDERSOEGE |
Hvad indsender beder om at prøven skal undersøges for |
| GRUPPE |
Patogen gruppe af E. coli ifølge tabel i QDOK; Feltet udvidet 17-06-2011 |
| GRUPPE_tolkning |
Tolkning af feltet GRUPPE |
| Forsendelse |
Felt indført i 2008: Forsendelsesnummeret skrives som #1, #2, ... #99, osv så man kan søge på en unik streng. Findes også i coliteststammer. OBS: Stammer mærket med MTA må under ingen omstændigheder udleveres til tredje part!!! |
| FIMBRIAE |
Aflæsningsstrengen af hæmagglutination fra S bogen |
| HA |
Fænotypisk bestemmelse af hæmagglutination; Konklusion på feltet FIMBRIAE |
| AEROBACTIN |
Aflæsning af plade assay |
| HLY |
Konklusion på feltet Haemolysin |
| HLY_tolkning |
Tolkning af feltet HLY |
| VTEC_IPAH |
Dot blot hybridisering; DNA probe pool: vtx1, vtx2 og ipaH |
| OEAEC |
Dot blot hybridisering; DNA probe pool: EAgg, DA og EAST1 |
| ETEC |
Dot blot hybridisering; DNA probe pool: Sth, STp og LT |
| PAABEGYNDT |
Hvornår arbejdet med prøven er påbegyndt |
| BESVARET1 |
Hvornår prøven er svaret ud |
| PGUAPL |
Produktion af Beta-glukuronidase aflæsning på plade |
| COLICIN |
Colicin produktion målt sammen med Aerobactinundersøgelsen |
| FFCT |
Frit fækalt cytotoksin |
| SEROTYPE |
Fænotypisk samling af felterne OYPE:KTYPE:HTYPE; FTYPE. Udvidet fra 25 til 54 nov 2008; |
| OGR |
Nummerisk betegnelse for O gruppen |
| OK |
Se "koder i colidatabasen" |
| OK_tolkning |
Tolkning af feltet OK |
| DESTINATION |
Rejsemål i ISO kode. |
| DESTINATION_tolkning |
Tolkning af feltet DESTINATION |
| BATCH |
Batch nummer til oprensning |
| PFGE |
Såfremt der er PFGE skrives gelnummer |
| Sequencing |
Nyt felt pr juni 2008; Hver sekventeringskørsel får et unikt nummer, som også lægges S:\FBT\8 Typning\TC\Projekter\vtx typning\vtx2 sekventering\Rå sekvenser\DATO |
| IND_KODE |
PBS og LIMS koder |
| INTIMIN |
Intimin (eae) variant bestemt ved RT-PCR med EMN metode |
| SELECT1 |
Variabelt felt til ad hoc udvælgelse af bestemte prøver |
| PROJECT |
Dette felt medtager, hvilke projekter det pågældende isolat er med i. Er opdateret fra MASTER 2. april 2003 (FSC) |
| vtx_PROJECT |
Afmærkning af stammer til vtx nomenklatur og protokol procedure: REF vtx1, REF vtx2, WT |
| CHANGE |
Dette felt benyttes til at angive ændringer i et felt. Man skriver det gamle resultat her og det nye i feltet. jan. 2004 (FSC) |
| RingTBL1 |
Noteres, hvis der er givet telefonisk svar til tarmbakteriologisk laboratorium |
| RingTBL2 |
Noteres, hvis der er givet yderligere supplerende telefonisk svar til tarmbakteriologisk laboratorium |
| M_TBL |
Dato for lægesvar per mail i form af et EXCEL-ark som hovedregel om fredagen |
| cpr1 |
CPR nummer/fødselsdato med streg til eksterne links |
| mlinknr |
Indtil videre kun for VTEC indeksisolater. PR. november 2006 for alle coli'er fra TBL register; Provnr |
| Source |
Hvilken dyreart (inkl. menneske) eller anden kilde: kød, vand, etc |
| Source_tolkning |
Tolkning af feltet Source |
| Origin |
Hvilket materiale: fæces, urin, blod etc. |
| Origin_tolkning |
Tolkning af feltet Origin |
| Condition |
Kliniske symptomer: D=diarre, BD= Blodig D, HUS etc. eller rask |
| Condition_tolkning |
Tolkning af feltet Condition |
| Setting |
I hvilken sammenhæng er prøven taget. Se evt. også feltet PROJECT |
| sex |
Køn |
| sex_tolkning |
Tolkning af feltet sex |
| Age |
Alder |
| YR |
Nyt pr 2009 til dannelse af BN_KEY nummeret; er de to sidste cifre i C_NR |
| Antal_stik |
Nyt pr. 9/5-2011; antal stik eller frys af det pågældende nr (C nummer eller D nummer) |
| Indberetningsdato |
Nyt pr. 9/5-2011; Dato for indberetning til CBB |
| LIMS_SVAR |
Nyt pr. 09-06-2011 i forb. med udbrud af O104 |