| CIDnr |
unikt løbenummer for prøvebeholder |
| LIMSnr |
unikt løbenummer for prøve |
| Isolate |
Influenzavirus isolatnavn som anføres efter retningslinjerne udstukket af verdens sundhedsorganisation (WHO), eksempel: A/Denmark/25/2018 |
| CPR |
CPR-nummer |
| Projectcode |
Projekttypen er angivet |
| Week |
ugenummer for prøvetagning |
| Sample_date |
dato for prøvetagning |
| LIMSresult |
Resultatet der fremgår af Statens Serum Instituts Laboratory Information Management System (LIMS) |
| Virus |
Hvilket virus prøven indeholder eksempelvis influenza A virus, influenza B virus, eller om prøven er negativ for influenzavirus |
| Subtype |
Hvilken influenza undertype som virus hører til eksempelvis H3N2, H1N1pdm09, B-Victoria, B-Yamagata |
| SeqCharacterisation |
resultat af karakterisering ved sekventering, hvilken fylogentisk gruppe eller clade virus tilhører |
| Ct_HA |
Cycle threshold værdi (ct-værdi) prøven har i det hæmagglutinin (HA) gen specifikke real time RT-PCR assay |
| Ct_NA |
Cycle threshold værdi (ct-værdi) prøven har i det hæmagglutinin (HA) gen specifikke real time RT-PCR assay |
| Ct_M |
Cycle threshold værdi (ct-værdi) prøven har i det hæmagglutinin (HA) gen specifikke real time RT-PCR assay |
| Remarks |
Diverse bemærkninger |
| Age |
Patientens alder |
| Gender |
patientens køn mand, kvinde eller ukendt |
| Date_SSI |
dato for modtagelse af prøven på Statens Serum Institut |
| Sample |
Prøvemateriale |
| Clinical_info |
Klinisk information fra rekvirenten |
| Postcode |
Rekvirentens postnummer og by |
| Provider |
Rekvirentens ydernummer |
| Antiviral_treatment |
information om patienten har modtaget antiviral behandling |
| Resistant |
beskriver om der i prøven er fundet resistens overfor antivirale midler |
| Resistance_mutations |
Resistensmutationer fundet ved genotypisk resistensundersøgelse |
| OS_IC50 |
Resultat af fænotypisk resistensundersøgelse overfor oseltamivir angivet i nano molær (nM) 50 % inhibitorisk koncentration (IC50) |
| HA_gel |
Aflæsning af hæmagglutinin (HA) gen sekventerings PCR på gel |
| NA_gel |
Aflæsning af neuraminidase (NA) gen sekventerings PCR på gel |
| M_gel |
Aflæsning af matrix (M) gen sekventerings PCR på gel |
| Gel_other |
Aflæsning af sekventerings PCR på gel |
| SeqRun |
kørselsnummer for sekvensreaktion |
| Action |
aktivt felt hvor der kan anføres hvilken aktion der er den næste på prøven |
| Seq_notes |
Notater vedrørende sekventering |
| HA_seq |
antal kilobaser (kb) af hæmaglutiningenet der er sekvens på samt eventuelle kommentarer |
| NA_seq |
antal kilobaser (kb) af neuraminidasegenet der er sekvens på samt eventuelle kommentarer |
| M_seq |
antal kilobaser (kb) af matrixgenet der er sekvens på samt eventuelle kommentarer |
| GISAID |
Notat for sekvenser der er lagt ind i Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) og eventuelt det unikke GISAID nummer |
| GenBank |
Notat for sekvenser der er lagt ind i Genbank (genbanken der er del af National Center for Biotechnology Information (NCBI)) og eventuelt det unikke Genbank nummer |
| Seq_other |
kommentarer vedrørende sekventering af influenzavirusgener |
| Cultivation |
det anføres om det har været muligt at opdyrke et virusisolat i cellekultur for eksempel med succeeded eller failed |
| Cell_passages |
passagehistorikken for celledyrkning anføres |
| HA_titre |
hæmagglutinations titeren for virusisolat |
| HI_titre_match |
hæmagglutinations inhibitions (HAI) resultat anføres med det bedste antigene match og eventuelt HAI-titer |
| HI_fold_difference |
hæmagglutinations inhibitions (HAI) resultat anføres som HAI-titer forskel til bedste antigene match |
| TCID50 |
Titer af virusisolat i 50 % Tissue Culture Infectious Dose (TCID50) |
| Cultivation_notes |
Bemærkninger til dyrkning af virus i cellekultur |
| Sent_to_WHO |
Notat for virusisolater der er sendt til verdenssundhedsorganisationens (WHO) Collaborating center (CC) |
| WHO_response |
Svar fra verdenssundhedsorganisationens (WHO) Collaborating center (CC) vedrørende sendte isolater |
| Vaccinated |
Det anføres om patienten er influenzavaccineret i den pågældende sæson prøven er udtaget i |
| Obesity |
Det anføres om patienten er overvægtig |
| Start_of_illness |
tidspunkt for influenza sygdomsstart |
| Chronic_illness |
Det anføres om patienten har kroniske sygdomme |
| Pregnant |
Det anføres om patienten er gravid |
| Order_Code |
ordrekoden hvilket vil sige analysen prøven er rekvireret til på Statens Serum Institut |
| V_Week |
ugenummer for vaccination |
| ZAN_IC50 |
Resultat af fænotypisk resistensundersøgelse overfor zanamivir angivet i nano molær (nM) 50 % inhibitorisk koncentration (IC50) |
| Sequencing |
det anføres om det har været muligt at sekventere virus for eksempel med succeeded eller failed |