| ID |
Unik id for hver række. Findes kun i arkiveringsversionen |
| KEY_VALUE |
Unik id for hver række. |
| ENDTCREATED |
Tidspunkt for hvornår en række først blev oprættet. |
| ENDTMODIF |
Tidspunkt for seneste modifikation af rækken. |
| Isolate |
Influenzavirus isolatnavn som anføres efter retningslinjerne udstukket af verdens sundhedsorganisation (WHO), eksempel: A/Denmark/25/2013 |
| CPR |
CPR nummer |
| Project_Code |
Projekt type: O = overvågningsprojekt, S = sentinelprojekt, ingen = diagnostisk |
| Project_Code_Txt |
Tekst oversættelse af Project_Code. Findes kun i arkiveringsversionen |
| Week |
uge nr for prøvetagning |
| Sample_Date |
dato for prøvetagning |
| LIMS_Results |
Resultatet der fremgår af Statens Serum Instituts Laboratory Information Management System (LIMS) |
| Virus |
Hvilket virus prøven indeholder: INF A = influenza A virus, INF B = influenza B virus, Negative |
| Virus_Txt |
Tekst oversættelse af Virus. Findes kun I arkiveringsversionen |
| Subtype |
Hvilken influenza undertype som virus hører til: H3N2, H1N1pdm09, B-Victoria, B-Yamagata |
| SeqCharacterisation |
resultat af karakterisering ved sekventering, hvilken fylogentisk gruppe/clade virus tilhører |
| Ct_HA |
Cycle threshold værdi (ct-værdi) prøven har i det hæmagglutinin (HA) gen specifikke real time RT-PCR assay |
| Ct_NA |
Cycle threshold værdi (ct-værdi) prøven har i det neuraminidase (NA) gen specifikke real time RT-PCR assay |
| Ct_M |
Cycle threshold værdi (ct-værdi) prøven har i det matrix (M) gen specifikke real time RT-PCR assay |
| Remarks |
bemærkninger (fra 2022 inkluderes resultater fra andre virus i sentinelovervågningen) |
| Age |
patientens alder |
| Gender |
patientens køn |
| Gender_Txt |
Tekst oversættelse af gender. Findes kun i arkiveringsversionen |
| Date_SSI |
dato for modtagelse af prøven på Statens Serum Institut |
| Sample |
Prøvemateriale |
| Clinical_info |
Klinisk information fra rekvirenten |
| Postcode |
Rekvirentens postnummer |
| Provider |
Rekvirent ydernummer |
| Provider_Txt |
Tekst oversættelse af Provider. Findes kun i arkiveringsversionen |
| Antiviral_treatment |
information om antiviral behandling |
| Resistant |
resultat af resistensundersøgelse af virus anføres som ja / nej |
| Resistance_mutations |
Resistensmutationer fundet ved genotypisk resistensundersøgelse |
| OS_IC50 |
Resultat af fænotypisk resistensundersøgelse for oseltamivir angivet i 50 % inhibitorisk koncentration (IC50) |
| HA_gel |
Aflæsning af hæmagglutinin (HA) gen sekventerings PCR på gel, styrken angives som plustegn (+) og om det er hele genet eller partiel (Full gene, partiel gene) |
| NA_gel |
Aflæsning af neuraminidase (NA) gen sekventerings PCR på gel, styrken angives som plustegn (+) og om det er hele genet eller partiel (Full gene, partiel gene) |
| M_gel |
Aflæsning af matrix (M) gen sekventerings PCR på gel, styrken angives som plustegn (+) og om det er hele genet eller partiel (Full gene, partiel gene) |
| Gel_other |
Andre gener end ovenstående: Aflæsning af sekventerings PCR på gel, styrken angives som plustegn (+) og om det er hele genet eller partiel (Full gene, partiel gene) |
| SeqRun |
kørselsnummer for sekvensreaktion |
| Action_Text |
aktivt felt hvor der kan anføres hvilken aktion der er den næste på prøven |
| Seq_notes |
Notater vedrørende sekventering |
| HA_seq |
antal kilobaser (kb) af hæmaglutiningenet der er sekvens på, eller spesifikke aminosyre subtitutioner iforhold til reference sekvens |
| NA_seq |
antal kilobaser (kb) af neuraminidasegenet der er sekvens på, eller spesifikke aminosyre subtitutioner iforhold til reference sekvens |
| M_seq |
antal kilobaser (kb) af matrixgenet der er sekvens på, eller spesifikke aminosyre subtitutioner iforhold til reference sekvens |
| GISAID |
For sekvenser der er lagt ind i Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) anføres det unikke GISAID nummer |
| GenBank |
For sekvenser der er lagt ind i Genbank (genbanken der er del af National Center for Biotechnology Information (NCBI)) anføres det unikke Genbank nummer |
| Seq_other |
kommentarer vedrørende sekventering af influenzavirusgener |
| Cultivation |
det anføres om det har været muligt at opdyrke et virusisolat i cellekultur: succeeded eller failed |
| Cell_passages |
passagehistorikken for celledyrkning anføres |
| HA_titre |
hæmagglutinations titeren for virusisolat |
| HI_titre_match |
hæmagglutinations inhibitions resultat anføres som bedste antigene match |
| HI_fold_difference |
hæmagglutinations inhibitions (HAI) resultat anføres som HAI-titer forskel til bedste antigene match |
| TCID50 |
Titer af virusisolat i 50 % Tissue Culture Infectious Dose (TCID50) |
| Cultivation_notes |
Bemærkninger til dyrkning af virus i cellekultur |
| Sent_to_WHO |
Virusisolater der er sendt til WHO Collaborating center (CC), tidspunkt for afsendelse anføres. |
| WHO_response |
Svar fra WHO CC vedrørende sendte isolater |
| Vaccinated |
Patientens influenzavaccinationstatus anføres som ja / nej |
| Obesity |
Det anføres om patienten er overvægtig ja / nej |
| Start_of_illness |
influenza sygdomsstart, tidspunkt |
| Chronic_illness |
kroniske sygdomme, sygdommen anføres |
| Pregnant |
graviditet anføres som ja / nej |
| Order_Code |
ordrekoden det vil sige analysen prøven er rekvireret til på Statens Serum Institut |
| Order_Code_Txt |
Tekst oversættelse af Order_Code. Findes kun i arkiveringsversionen |
| V_Week |
ugenummer for vaccination |
| ZAN_IC50 |
Resultat af fænotypisk resistensundersøgelse for zanamivir angivet i 50 % inhibitorisk koncentration (IC50) |
| Sequencing |
det anføres om det har været muligt at sekventere virus: succeeded eller failed |
| Seq_proofread |
det anføres om sekvensen er gennemlæst for fejl ja/ nej |
| LIMSnr |
Prøvens laboratorienummer i Statens Serum Instituts Laboratory Information Management System (LIMS) |
| Fryserplacering_isolat |
Fysisk lokation af opdyrket influenzavirus isolat. |
| Height |
Patientens højde |
| Weight |
Patientens vægt |
| RESISTENSPROJEKT |
Særlige projekter ang antiviral resistens |
| VACCINE_TYPE |
Typen af influenza vaccine givet |
| NEUT_TITER_MATCH |
Neutralisations resultat anføres som bedste antigene match |
| NT_FOLD_DIFFERENCE |
neutralitations resultat anføres som NT-titer forskel til bedste antigene match |
| CT_SARSCOV2 |
Cycle threshold værdi (ct-værdi) prøven har i det SARS-CoV-2 spike gen specifikke real time RT-PCR assay, under tidlig fase af Covid-19 pandemien. K = kørt i OneTube PCR inden sekvensering. |