Tabel

Tbl_Escherichia


Beskrivelse ?

Tabellen indeholder en række pr registrering af indsendt prøvemateriale: fæces, urin, blod, vand, fødevare, dyr eller bakteriekultur mm

Størrelse (Antal rækker) ?

11414

Indhold (Kolonner/variable) ?

Navn Indhold
BN_KEY Primær nøgle. Unikt nummer for hver prøve. Ved blandingskulturer forlænges med A, B, C osv
N Numerisk felt til C_NR og BN_KEY
AAR Angiver året for infektion eller primær prøvetagning (= sygdomsdebut)
C_NR Unikt nummer for hver prøve. Ved blandingskulturer forlænges C-nr med A, B, C osv
Dnummer Nummer til primært referencestammer eller isolater til forskning.
MODTAGET Dato for modtagelse i laboratoriet
AFSENDERNR Afsenderens originale prøvenummer
Kode_For_Afsender Tekst felt med enten navn på afsender eller et nummer, enten yder eller shak
Kode_For_Afsender_Txt Tekst oversættelse af Kode_For_Afsender. Findes kun i arkiveringsversionen
AFSENDER Afsenders navn eller ydernummer
AFSENDER_TXT Tekst oversættelse af AFSENDER. Findes kun i arkiveringsversionen
NAVN Patientens fornavn
EFTERNAVN Patienten efternavn
CPR CPR nummer
AFSENDTYPE Frit tekst felt; Udvidet fra 25 tegn til 50 tegn 02-09-2009 FSC
DYR_MATR Prøvens oprindelse og evt. Sygdomsbillede
LAND Det land, som prøven kommer fra
OTYPE Fæno- og/eller genotypisk bestemmelse af O gruppen
KTYPE Fæno- og/eller genotypisk bestemmelse af K typen
HTYPE Fæno- og/eller genotypisk bestemmelse af H typen
HAEMOLYSIN Hæmolysin aflæsning af vasket blodplade; afskaffet
Sorbitol 1 for positiv på førstedagen; 2 for negativ på førstedagen ; 3 for sent positiv. Kun en begrænset periode
Sorbitol_txt Tekst oversættelse af Sorbitol. Findes kun i arkiveringsversionen
KOMMENTAR Frit tekst felt
VCA Vero celle assay
VT1 Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
VT1_TXT Tekst oversættelse af VT1. Findes kun i arkiveringsversionen
VT2 Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
VT2_TXT Tekst oversættelse af VT2. Findes kun i arkiveringsversionen
VT2f Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
VT2f_TXT Tekst oversættelse af VT2f. Findes kun i arkiveringsversionen
EAE Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
EAE_TXT Tekst oversættelse af EAE. Findes kun i arkiveringsversionen
EAF Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021.
EAF_TXT Tekst oversættelse af EAF. Findes kun i arkiveringsversionen
BFP Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
BFP_TXT Tekst oversættelse af BFP. Findes kun i arkiveringsversionen
EHXA Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
EHXA_TXT Tekst oversættelse af EHXA. Findes kun i arkiveringsversionen
EAGG Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
EAGG_TXT Tekst oversættelse af EAGG. Findes kun i arkiveringsversionen
aatA Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
aatA_TXT Tekst oversættelse af aatA. Findes kun i arkiveringsversionen
aaiC Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
aaiC_TXT Tekst oversættelse af aaiC. Findes kun i arkiveringsversionen
aggR Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
aggR_TXT Tekst oversættelse af aggR. Findes kun i arkiveringsversionen
saa Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
saa_TXT Tekst oversættelse af saa. Findes kun i arkiveringsversionen
EAST1 Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
EAST1_TXT Tekst oversættelse af EAST1. Findes kun i arkiveringsversionen
DA Kan erstattes af resutat fra WGS og ExPEC databasen
DA_TXT Tekst oversættelse af DA. Findes kun i arkiveringsversionen
EIEC Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021
EIEC_TXT Tekst oversættelse af EIEC. Findes kun i arkiveringsversionen
IPAH Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
IPAH_TXT Tekst oversættelse af IPAH. Findes kun i arkiveringsversionen
STH Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
STH_TXT Tekst oversættelse af STH. Findes kun i arkiveringsversionen
STP Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
STP_TXT Tekst oversættelse af STP. Findes kun i arkiveringsversionen
LT Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS
LT_TXT Tekst oversættelse af LT. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx1_SEQ stx1-seq-F1/stx1-seq-R1; Hentes fra BN hvis nødvendigt
vtx1_DET stx1-det-F1/stx1-det-R1; Hentes fra BN hvis nødvendigt
vtx1_DET_TXT Tekst oversættelse af vtx1_DET. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx1a Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN
vtx1a_txt Tekst oversættelse af vtx1a. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx1c Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN
vtx1c_txt Tekst oversættelse af vtx1c. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx1d Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN
vtx1d_txt Tekst oversættelse af vtx1d. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx2_OMNI Nyt primersæt indført 01-06-2023
vtx2a Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN
vtx2a_txt Tekst oversættelse af vtx2a. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx2b Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN
vtx2b_txt Tekst oversættelse af vtx2b. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx2c Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN
vtx2c_txt Tekst oversættelse af vtx2c. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx2d Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN
vtx2d_txt Tekst oversættelse af vtx2d. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx2e Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN
vtx2e_txt Tekst oversættelse af vtx2e. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx2f Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN
vtx2f_txt Tekst oversættelse af vtx2f. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx2g Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN
vtx2g_txt Tekst oversættelse af vtx2g. Findes kun i arkiveringsversionen
vtx_sub Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN; Subtype: stx1a-d; stx2a-o
vtx_GELnr Gel nummer til vtx subtypning både vtx1 og vtx2 subtypning
MRK Type af undersøgelse: REF = Reference; FSK = Forskning; BET = Betaling; TMB = Tarmbakteriologisk lab (SSI); UDB = Uden betaling; EQA = Ekstern kvalitetsprøvning mmm
MRK_TXT Tekst oversættelse af MRK. Findes kun i arkiveringsversionen
FTYPE papAC typen hentes fra ExPEC VirulenceFinder databasen fra 01-01-2021
UNDERSOEGE Hvad skal prøven undersøges for
GRUPPE Patogen gruppe af E. coli ifølge tabel i QDOK; Feltet udvidet 17-06-2011
GRUPPE_TXT Tekst oversættelse af GRUPPE. Findes kun i arkiveringsversionen
Forsendelse Forsendelsesnummer
FIMBRIAE Aflæsning af hæmagglutination med røde blodlegemer med og uden mannose
HA Konklusion på feltet FIMBRIAE
AEROBACTIN Aflæsning af plade assay; afskaffet
HLY alfa-, enterohæmolysin eller negativ: konklusion på aflæsning af HÆMOLYSIN
HLY_TXT Tekst oversættelse af HLY. Findes kun i arkiveringsversionen
VTEC_IPAH Dot blot hybridisering; DNA probe pool: vtx1, vtx2 og ipaH
VTEC_IPAH_TXT Tekst oversættelse af VTEC_IPAH. Findes kun i arkiveringsversionen
OEAEC Dot blot hybridisering; DNA probe pool: EAgg, DA og EAST1
ETEC Dot blot hybridisering; DNA probe pool: Sth, STp og LT
ETEC_TXT Tekst oversættelse af ETEC. Findes kun i arkiveringsversionen
PAABEGYNDT Hvornår arbejdet med prøven er påbegyndt
BESVARET1 Hvornår prøven er svaret ud
PGUAPL Produktion af Beta-glukuronidase aflæsning på plade
PGUAPL_TXT Tekst oversættelse af PGUAPL. Findes kun i arkiveringsversionen
COLICIN Målt sammen med Aerobactinundersøgelsen
FFCT Frit fækalt cytotoksin
SEROTYPE Sammensat af felterne OTYPE:KTYPE:HTYPE; Udvidet fra 25 tegn til 54 tegn nov 2008;
OGR O gruppen til afrapportering til Annual report (Zoonoserapporten), TESSy m fl
OK Koder for primære og sekundære prøver fra samme patient; se koder i colidatabasen
DESTINATION Rejsemål i ISO kode. Kobles til Tbl_Lande
BATCH Batch nr til PFGE feltet
PFGE Såfremt der er PFGE skrives gelnummer
Sequencing Nyt felt pr juni 2008; Hver sekventeringskørsel får et unikt nummer, som fremgår af BN
IND_KODE PBS og LIMS koder
IND_KODE_TXT Tekst oversættelse af IND_KODE. Findes kun i arkiveringsversionen
INTIMIN Intimin (eae) variant bestemt ved RT-PCR med EMN metode eller med WGS
Udtag Frit felt til at udvælge isolater til videre undersøgelse
PROJECT Dette felt medtager, hvilke projekter det pågældende isolat er med i. Er opdateret fra MASTER 2. april 2003 (FSC)
vtx_PROJECT Afmærkning af stammer til Stx nomenklatur og protokol procedure: REF vtx1, REF vtx2, WT
CHANGE Dette felt benyttes til at angive ændringer i et felt. Man skriver det gamle resultat her og det nye i feltet. jan. 2004 (FSC)
RingTBL1 Noteres, hvis der er givet telefonisk svar til tarmbakteriologisk laboratorium
RingTBL2 Noteres, hvis der er givet yderligere supplerende telefonisk svar til tarmbakteriologisk laboratorium
M_TBL Dato for lægesvar per mail i form af et EXCEL-ark som hovedregel om fredagen; afskaffet
mlinknr Indtil videre kun for STEC indeksisolater. PR. november 2006 for alle coli'er fra TBL
Source Hvilken dyreart (inkl. menneske) eller anden kilde: kød, vand, etc
Origin Hvilket materiale: fæces, urin, blod etc.
Condition Kliniske symptomer: D=diarre, BD= Blodig D, HUS etc. eller rask
Setting I hvilken sammenhæng er prøven taget. Angiver også ST typen samt med "#" om der er fundet en klynge;. e evt. også feltet PROJECT
sex Køn
sex_txt Tekst oversættelse af sex. Findes kun i arkiveringsversionen
age Alder
YR Angiver året for infektion eller primær prøvetagning (= sygdomsdebut); samme som YEAR
AntalStik Antal stik, som er kontrolbelagt
Indberetningsdato Dato for indberetning til CBB
LIMS_SVAR Nyt pr. 09-06-2011 i forb. med udbrud af O104
SpecimenType Uddybende præcisering affra feltet OK for primære og sekundære prøver fra samme patient; se koder i colidatabasen
AgeGroups Alder grupperet
Age_band Alder grupperet
EPI_NYT Alder grupperet
O157_non_O157 O gruppe O157 eller ikke-O157
BLODIG Oplysning om blodig diarré.
BLODIG_TXT Tekst oversættelse af BLODIG. Findes kun i arkiveringsversionen
HUS Oplysning om Hæmolytisk uræmisk syndrom (HUS). Se "koder i colidatabasen"
HUS_TXT Tekst oversættelse af HUS. Findes kun i arkiveringsversionen
UDLAND Udlandsrejse ja-nej-ved ikke.
UDLAND_TXT Tekst oversættelse af UDLAND. Findes kun i arkiveringsversionen
Vehicle_implicated Mulig kilde til infektionen
Vehicle_evidence Negative, usikker, mulig, bekræftet
Vehicle_evidence_txt Tekst oversættelse af Vehicle_evidence. Findes kun i arkiveringsversionen
Maaned Måned
TESSy_approved_upload Anvendt til godkendelse af upload til TESSy
NUTS_3 Geografisk områdekode
NUTS_3_TXT Tekst oversættelse af NUTS_3. Findes kun i arkiveringsversionen
NUTS_2 Geografisk områdekode
NUTS_2_TXT Tekst oversættelse af NUTS_2. Findes kun i arkiveringsversionen
AgeMonth Alder til børn under 1 år
Genomsekventeret_DATO Dato for hvornår isolatet er sendt til WGS
Genomsekvens WGS kørselsnummer
EpiLbnr Unikt nummer fra det kliniske meldesystem MIS2