BN_KEY |
Primær nøgle. Unikt nummer for hver prøve. Ved blandingskulturer forlænges med A, B, C osv |
N |
Numerisk felt til C_NR og BN_KEY |
AAR |
Angiver året for infektion eller primær prøvetagning (= sygdomsdebut) |
C_NR |
Unikt nummer for hver prøve. Ved blandingskulturer forlænges C-nr med A, B, C osv |
Dnummer |
Nummer til primært referencestammer eller isolater til forskning. |
MODTAGET |
Dato for modtagelse i laboratoriet |
AFSENDERNR |
Afsenderens originale prøvenummer |
Kode_For_Afsender |
Tekst felt med enten navn på afsender eller et nummer, enten yder eller shak |
Kode_For_Afsender_Txt |
Tekst oversættelse af Kode_For_Afsender. Findes kun i arkiveringsversionen |
AFSENDER |
Afsenders navn eller ydernummer |
AFSENDER_TXT |
Tekst oversættelse af AFSENDER. Findes kun i arkiveringsversionen |
NAVN |
Patientens fornavn |
EFTERNAVN |
Patienten efternavn |
CPR |
CPR nummer |
AFSENDTYPE |
Frit tekst felt; Udvidet fra 25 tegn til 50 tegn 02-09-2009 FSC |
DYR_MATR |
Prøvens oprindelse og evt. Sygdomsbillede |
LAND |
Det land, som prøven kommer fra |
OTYPE |
Fæno- og/eller genotypisk bestemmelse af O gruppen |
KTYPE |
Fæno- og/eller genotypisk bestemmelse af K typen |
HTYPE |
Fæno- og/eller genotypisk bestemmelse af H typen |
HAEMOLYSIN |
Hæmolysin aflæsning af vasket blodplade; afskaffet |
Sorbitol |
1 for positiv på førstedagen; 2 for negativ på førstedagen ; 3 for sent positiv. Kun en begrænset periode |
Sorbitol_txt |
Tekst oversættelse af Sorbitol. Findes kun i arkiveringsversionen |
KOMMENTAR |
Frit tekst felt |
VCA |
Vero celle assay |
VT1 |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
VT1_TXT |
Tekst oversættelse af VT1. Findes kun i arkiveringsversionen |
VT2 |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
VT2_TXT |
Tekst oversættelse af VT2. Findes kun i arkiveringsversionen |
VT2f |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
VT2f_TXT |
Tekst oversættelse af VT2f. Findes kun i arkiveringsversionen |
EAE |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
EAE_TXT |
Tekst oversættelse af EAE. Findes kun i arkiveringsversionen |
EAF |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. |
EAF_TXT |
Tekst oversættelse af EAF. Findes kun i arkiveringsversionen |
BFP |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
BFP_TXT |
Tekst oversættelse af BFP. Findes kun i arkiveringsversionen |
EHXA |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
EHXA_TXT |
Tekst oversættelse af EHXA. Findes kun i arkiveringsversionen |
EAGG |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
EAGG_TXT |
Tekst oversættelse af EAGG. Findes kun i arkiveringsversionen |
aatA |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
aatA_TXT |
Tekst oversættelse af aatA. Findes kun i arkiveringsversionen |
aaiC |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
aaiC_TXT |
Tekst oversættelse af aaiC. Findes kun i arkiveringsversionen |
aggR |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
aggR_TXT |
Tekst oversættelse af aggR. Findes kun i arkiveringsversionen |
saa |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
saa_TXT |
Tekst oversættelse af saa. Findes kun i arkiveringsversionen |
EAST1 |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
EAST1_TXT |
Tekst oversættelse af EAST1. Findes kun i arkiveringsversionen |
DA |
Kan erstattes af resutat fra WGS og ExPEC databasen |
DA_TXT |
Tekst oversættelse af DA. Findes kun i arkiveringsversionen |
EIEC |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021 |
EIEC_TXT |
Tekst oversættelse af EIEC. Findes kun i arkiveringsversionen |
IPAH |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
IPAH_TXT |
Tekst oversættelse af IPAH. Findes kun i arkiveringsversionen |
STH |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
STH_TXT |
Tekst oversættelse af STH. Findes kun i arkiveringsversionen |
STP |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
STP_TXT |
Tekst oversættelse af STP. Findes kun i arkiveringsversionen |
LT |
Prober (Dot blot hybridisering) afskaffet 01-01-2021. Herefter er reultater baseret på en kombination af PCR og resultater fra WGS |
LT_TXT |
Tekst oversættelse af LT. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx1_SEQ |
stx1-seq-F1/stx1-seq-R1; Hentes fra BN hvis nødvendigt |
vtx1_DET |
stx1-det-F1/stx1-det-R1; Hentes fra BN hvis nødvendigt |
vtx1_DET_TXT |
Tekst oversættelse af vtx1_DET. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx1a |
Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN |
vtx1a_txt |
Tekst oversættelse af vtx1a. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx1c |
Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN |
vtx1c_txt |
Tekst oversættelse af vtx1c. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx1d |
Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN |
vtx1d_txt |
Tekst oversættelse af vtx1d. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx2_OMNI |
Nyt primersæt indført 01-06-2023 |
vtx2a |
Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN |
vtx2a_txt |
Tekst oversættelse af vtx2a. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx2b |
Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN |
vtx2b_txt |
Tekst oversættelse af vtx2b. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx2c |
Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN |
vtx2c_txt |
Tekst oversættelse af vtx2c. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx2d |
Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN |
vtx2d_txt |
Tekst oversættelse af vtx2d. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx2e |
Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN |
vtx2e_txt |
Tekst oversættelse af vtx2e. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx2f |
Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN |
vtx2f_txt |
Tekst oversættelse af vtx2f. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx2g |
Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN |
vtx2g_txt |
Tekst oversættelse af vtx2g. Findes kun i arkiveringsversionen |
vtx_sub |
Primært PCR, sekundært med WGS resultat fra BN; Subtype: stx1a-d; stx2a-o |
vtx_GELnr |
Gel nummer til vtx subtypning både vtx1 og vtx2 subtypning |
MRK |
Type af undersøgelse: REF = Reference; FSK = Forskning; BET = Betaling; TMB = Tarmbakteriologisk lab (SSI); UDB = Uden betaling; EQA = Ekstern kvalitetsprøvning mmm |
MRK_TXT |
Tekst oversættelse af MRK. Findes kun i arkiveringsversionen |
FTYPE |
papAC typen hentes fra ExPEC VirulenceFinder databasen fra 01-01-2021 |
UNDERSOEGE |
Hvad skal prøven undersøges for |
GRUPPE |
Patogen gruppe af E. coli ifølge tabel i QDOK; Feltet udvidet 17-06-2011 |
GRUPPE_TXT |
Tekst oversættelse af GRUPPE. Findes kun i arkiveringsversionen |
Forsendelse |
Forsendelsesnummer |
FIMBRIAE |
Aflæsning af hæmagglutination med røde blodlegemer med og uden mannose |
HA |
Konklusion på feltet FIMBRIAE |
AEROBACTIN |
Aflæsning af plade assay; afskaffet |
HLY |
alfa-, enterohæmolysin eller negativ: konklusion på aflæsning af HÆMOLYSIN |
HLY_TXT |
Tekst oversættelse af HLY. Findes kun i arkiveringsversionen |
VTEC_IPAH |
Dot blot hybridisering; DNA probe pool: vtx1, vtx2 og ipaH |
VTEC_IPAH_TXT |
Tekst oversættelse af VTEC_IPAH. Findes kun i arkiveringsversionen |
OEAEC |
Dot blot hybridisering; DNA probe pool: EAgg, DA og EAST1 |
ETEC |
Dot blot hybridisering; DNA probe pool: Sth, STp og LT |
ETEC_TXT |
Tekst oversættelse af ETEC. Findes kun i arkiveringsversionen |
PAABEGYNDT |
Hvornår arbejdet med prøven er påbegyndt |
BESVARET1 |
Hvornår prøven er svaret ud |
PGUAPL |
Produktion af Beta-glukuronidase aflæsning på plade |
PGUAPL_TXT |
Tekst oversættelse af PGUAPL. Findes kun i arkiveringsversionen |
COLICIN |
Målt sammen med Aerobactinundersøgelsen |
FFCT |
Frit fækalt cytotoksin |
SEROTYPE |
Sammensat af felterne OTYPE:KTYPE:HTYPE; Udvidet fra 25 tegn til 54 tegn nov 2008; |
OGR |
O gruppen til afrapportering til Annual report (Zoonoserapporten), TESSy m fl |
OK |
Koder for primære og sekundære prøver fra samme patient; se koder i colidatabasen |
DESTINATION |
Rejsemål i ISO kode. Kobles til Tbl_Lande |
BATCH |
Batch nr til PFGE feltet |
PFGE |
Såfremt der er PFGE skrives gelnummer |
Sequencing |
Nyt felt pr juni 2008; Hver sekventeringskørsel får et unikt nummer, som fremgår af BN |
IND_KODE |
PBS og LIMS koder |
IND_KODE_TXT |
Tekst oversættelse af IND_KODE. Findes kun i arkiveringsversionen |
INTIMIN |
Intimin (eae) variant bestemt ved RT-PCR med EMN metode eller med WGS |
Udtag |
Frit felt til at udvælge isolater til videre undersøgelse |
PROJECT |
Dette felt medtager, hvilke projekter det pågældende isolat er med i. Er opdateret fra MASTER 2. april 2003 (FSC) |
vtx_PROJECT |
Afmærkning af stammer til Stx nomenklatur og protokol procedure: REF vtx1, REF vtx2, WT |
CHANGE |
Dette felt benyttes til at angive ændringer i et felt. Man skriver det gamle resultat her og det nye i feltet. jan. 2004 (FSC) |
RingTBL1 |
Noteres, hvis der er givet telefonisk svar til tarmbakteriologisk laboratorium |
RingTBL2 |
Noteres, hvis der er givet yderligere supplerende telefonisk svar til tarmbakteriologisk laboratorium |
M_TBL |
Dato for lægesvar per mail i form af et EXCEL-ark som hovedregel om fredagen; afskaffet |
mlinknr |
Indtil videre kun for STEC indeksisolater. PR. november 2006 for alle coli'er fra TBL |
Source |
Hvilken dyreart (inkl. menneske) eller anden kilde: kød, vand, etc |
Origin |
Hvilket materiale: fæces, urin, blod etc. |
Condition |
Kliniske symptomer: D=diarre, BD= Blodig D, HUS etc. eller rask |
Setting |
I hvilken sammenhæng er prøven taget. Angiver også ST typen samt med "#" om der er fundet en klynge;. e evt. også feltet PROJECT |
sex |
Køn |
sex_txt |
Tekst oversættelse af sex. Findes kun i arkiveringsversionen |
age |
Alder |
YR |
Angiver året for infektion eller primær prøvetagning (= sygdomsdebut); samme som YEAR |
AntalStik |
Antal stik, som er kontrolbelagt |
Indberetningsdato |
Dato for indberetning til CBB |
LIMS_SVAR |
Nyt pr. 09-06-2011 i forb. med udbrud af O104 |
SpecimenType |
Uddybende præcisering affra feltet OK for primære og sekundære prøver fra samme patient; se koder i colidatabasen |
AgeGroups |
Alder grupperet |
Age_band |
Alder grupperet |
EPI_NYT |
Alder grupperet |
O157_non_O157 |
O gruppe O157 eller ikke-O157 |
BLODIG |
Oplysning om blodig diarré. |
BLODIG_TXT |
Tekst oversættelse af BLODIG. Findes kun i arkiveringsversionen |
HUS |
Oplysning om Hæmolytisk uræmisk syndrom (HUS). Se "koder i colidatabasen" |
HUS_TXT |
Tekst oversættelse af HUS. Findes kun i arkiveringsversionen |
UDLAND |
Udlandsrejse ja-nej-ved ikke. |
UDLAND_TXT |
Tekst oversættelse af UDLAND. Findes kun i arkiveringsversionen |
Vehicle_implicated |
Mulig kilde til infektionen |
Vehicle_evidence |
Negative, usikker, mulig, bekræftet |
Vehicle_evidence_txt |
Tekst oversættelse af Vehicle_evidence. Findes kun i arkiveringsversionen |
Maaned |
Måned |
TESSy_approved_upload |
Anvendt til godkendelse af upload til TESSy |
NUTS_3 |
Geografisk områdekode |
NUTS_3_TXT |
Tekst oversættelse af NUTS_3. Findes kun i arkiveringsversionen |
NUTS_2 |
Geografisk områdekode |
NUTS_2_TXT |
Tekst oversættelse af NUTS_2. Findes kun i arkiveringsversionen |
AgeMonth |
Alder til børn under 1 år |
Genomsekventeret_DATO |
Dato for hvornår isolatet er sendt til WGS |
Genomsekvens |
WGS kørselsnummer |
EpiLbnr |
Unikt nummer fra det kliniske meldesystem MIS2 |