Kvoteregisterets hovedformål er firdelt, det er en vigtig del af statens kyotoforpligtelse overfor FN, det skal sikre, at virksomhederne under EU's kvoteordning får overført det antal kvoter, som de er berettiget til, det fører regnskab med om virksomheder under EU's kvotehandelsordning overholder deres reduktionsforpligtelse og endelig skal det sikre at handel med kvoter og kreditter foregår sikkert og smidigt.