| Prøvenummer |
unikt løbenummer for prøvebeholder; angiver derudover om prøven er en prøve fra HIV-1 patienter i behandling (f.eks. PT5000) eller om det er en prøve fra en nydiagnosticeret HIV-1 patient (f.eks. SERO3000). Alle andre fornavne (end PE eller SE/Sero) indikerer at prøven var del af et projekt. |
| C_ID |
Container ID; et unikt løbenummer for prøvebeholder |
| Lims_nummer |
løbenummer for prøvebeholder |
| Patient_navn |
Patientens fulde navn |
| CPR |
Patientens personnummer |
| Prøve_dato |
Dato for prøvetagning |
| Prøve_materiale |
type af prøvemateriale |
| Antal_blod |
Tilbageværende blod |
| Antal_plasma |
Tilbageværende plasma |
| Rest_mat |
Cirka antal mikroliter ektraheret RNA tilbage |
| Hospital |
Navn på rekvirerende hospital |
| Hospitals_afdeling |
Navn på rekvirerende hospitals-afdeling |
| Navn_på_Hospital_samt_forkortelse |
Navn på det rekvirerende Hospital samt forkortelse |
| VL_kopier_per_mililiter |
Resultat af måling af antallet af viruskopier per mililiter |
| VL_date |
Dato for eventuel måling af antallet af viruskopier per mililiter |
| Opsæt_nr |
Løbenummer på opsæt (samlet analyse af flere prøver med samme reagenser) som prøven var en del af |
| Gentaget_i_opsæt |
Løbenummer på opsæt (samlet analyse af flere prøver med samme reagenser) som prøven var en del af, hvis der var behov for at prøven blev gen-analyseret |
| POL_PCR_ampli |
Resultat af PCR amplifikationen af POL genet |
| POL_Sekv |
Resultat af sekvenseringen af amplificerede PCR produkter fra POL genet |
| POL_Prøve_status |
Endelig prøvestatus efter eventuel analyse af POL genet |
| HIV_undertype |
Navnet på den HIV-1 undertype (subtype eller cirkulerende rekombinante form), som virus hører til f.eks. undertype (subtype) B eller Cirkulerende rekombinant from (CRF) CRF01 |
| Subtype_kommentar |
Diverse kommentarer til HIV-1 subypen |
| POL_besvaret_dato |
Dato for besvarelse af analysen af POL genet |
| POL_udført_af |
Navn og initial på personen eller personerne, der udførte analysen af POL genet |
| POL_besvaret_af |
Navn og initial på person, der godkendte det endelige resultat fra analysen af POL genet |
| POL_Besvarelseskommentar |
Diverse besvarelseskommentarer til analysen af POL genet |
| v3_Lims_nummer |
løbenummer for prøvebeholder sendt til analyse af V3 genet |
| v3_PCR_amplifikation |
Resultat af PCR amplifikationen af V3 genet |
| v3_sekv |
Resultat af sekvenseringen af amplificerede PCR produkter fra V3 genet |
| v3_status |
Endelig prøvestatus efter eventuel analyse af V3 genet |
| v3_besvaret_dato |
Dato for besvarelse af analysen af V3 genet |
| v3_besvaret_Init |
Initialer på person der godkendte det endelige resultat fra analysen af V3 genet |
| IN_Lims_nummer |
løbenummer for prøvebeholder sendt til analyse af integrase genet |
| IN_PCR_ampli |
Resultat af PCR amplifikationen af integrase genet |
| IN_sekv |
Resultat af sekvenseringen af amplificerede PCR produkter fra integrase genet |
| Integrase_status |
Endelig prøvestatus efter eventuel analyse af integrase genet |
| IN_besvaret_dato |
Dato for besvarelse af analysen af integrase genet |
| IN_besvaret_af |
Navn og initial på person, der godkendte det endelige resultat fra analysen af integrase genet |
| Kommentarer |
Diverse kommentarer |
| Kommentar |
Yderligere kommentarer |
| anden_information |
Eventuel anden information |
| SE |
Eventuelt nummer på tidligere SERO prøve fra samme patient |
| evt_tidligere_hospital |
Eventuelt navn på tidligere hospital; anvendt hvis for eksempel patienten har skiftet hospital |
| Projekt |
Eventuelt navn på projekt prøven har været en del af |
| Ekstraktiondato_1 |
Dato der angiver første gang, der blev ekstraheret HIV-1 RNA fra prøven |
| Ekstraktiondato_2 |
Dato der angiver anden gang, der blev ekstraheret HIV-1 RNA fra prøven |
| PCR_dato1 |
Dato der angiver første gang en PCR amplifikation blev foretaget på materiale fra prøven |
| PCR_dato2 |
Dato der angiver anden gang en PCR amplifikation blev foretaget på materiale fra prøven |
| Ekstraktions_kit_nummer |
Internt løbenummer for det anvendte kit til ekstraktion af HIV-1 RNA |
| sekvenserings_nummer |
Internt løbenummer, der angiver på hvilken sekvenseringsplade, produkter fra prøven blev sekvenseret på |
| Tidligere_POL_besvaret_dato |
Dato for besvarelse af analysen af POL genet for nogle af de tidligere prøver i perioden |
| Opsæt_udført_af |
Navn og initial på personen eller personerne, der udførte analysen af det opsæt prøven var en del af |
| Opsæt_kommentarer |
Eventuel kommentar til det opsæt som prøven var en del af |
| SeroYear |
Angiver i hvilket år prøven er inkluderet i SERO projektet |
| Tropisme |
HIV-1 tropisme |
| SE_questionnaire |
Status for SERO spørgeskema; Mulige svar: sendt, modtaget, gensendt, ekskluderet |
| SE_Incl_Excl |
Skal patienten inkluderes i projektet ?; Mulige svar: 1 – Ja. 2 – Nej |
| SE_Reason_excluded |
Eventuelt svar på hvorfor prøven ikke er blevet inkluderet i SERO projektet |
| SE_GENDER |
Patientens køn; Mulige svar: 1 – Mand, 2 – Kvinde |
| SE_PREGNANT |
Er/var patienten gravid ved diagnosetidspunktet?; Mulige svar: 9 – NA (hvis mand), 1 – Ja. 0 – Nej, 9 – Ukendt (hvis kvinde) |
| SE_ORIGIN |
Fødested/Land |
| SE_COUNTRY_INFECTION |
I hvilket land patienten er blevet smittet ? |
| SE_CONTINENT_INFECTION |
På hvilket kontinent er patienten er blevet smittet ? |
| SE_COUNTRY_INFECTION_SOURCE |
Smittekildens nationalitet |
| SE_INFECTION_MODE |
Risiko/ Smittemåde; Mulige svar: IVDU (intravenøs stofmisbruger), Heteroseksuelt, Homo/Biseksuelt, Blodtransfusion, Perinatal, ukendt |
| SE_HIVNegTest |
Dato for sidste negative HIV-test |
| SE_HIVPosTest |
Dato for første positive test (i Danmark ) |
| SE_InfectionTime |
Estimeret smittetidspunkt |
| SE_cART_treatment |
Har patienten modtaget antiviral behandling/profylakse ved prøvetagningstidspunktet for Seroprøven ? |
| SE_AIDS_defining_illness_Y |
Har patienten haft en eller flere AIDS definerende sygdomme ved prøvetagningstidspunktet for Seroprøven ? |
| SE_AIDS_defining_illness |
Hvilke AIDS definerende sygdomme havde patienten ved prøvetagningstidspunktet for Seroprøven ? |
| Sygdommens_sværhedsgrad |
Sygdommens sværhedsgrad klassificeret som anbefalet af det amerikanske Centers for Disease Control (CDC). Klassifikationen er foretaget efter en klinisk vurdering af hvor fremskreden HIV sygdommen er hos patienten, og inddelese i tre overstadier A,B og C hvor A er den mildeste asympomatiske tilstand, B er den symptomatiske tilstand og C er tilstanden hvor det erhvervede immundefekt syndrom også kendt som acquired immune deficiency syndrome (AIDS) viser sig. Udover niveauerne A, B og C findes der tre underniveauer angivet ved et tal, som tildeles udfra en måling af hvor mange CD4 immunceller patienten har tilbage på tidspunktet for vurderingen. |
| SE_STD_Y |
Har patienten haft en eller flere kønssygdomme i de seneste to år? |
| SE_STD_illness |
Hvilke kønssygdomme har patienten haft i de seneste to år? |
| SE_HBVAG |
Hepatitis serologi; resultat af test for Hepatitis B surface antigen; Mulige svar: 1 - Positiv, 2 - Negativ, 9 - Ikke testet |
| SE_HBVAS |
Hepatitis serologi; resultat af test for Hepatitis B surface antibody; Mulige svar: 1 - Positiv, 2 - Negativ, 9 - Ikke testet |
| SE_HBVAC |
Hepatitis serologi; resultat af test for Hepatitis B core antibody; Mulige svar: 1 - Positiv, 2 - Negativ, 9 - Ikke testet |
| SE_HCVA |
Hepatitis serologi; resultat af test for Hepatitis C antibody; Mulige svar: 1 - Positiv, 2 - Negativ, 9 - Ikke testet |
| SE_HCVR |
Hepatitis C diagnostik; resultat af test for Hepatitis C RNA; Mulige svar: 1 - Positiv, 2 - Negativ, 9 - Ikke testet |
| SE_Serokonvertant |
Er patienten serokonverteret ?; Mulige svar: 0 –Nej, 1 – Ja (ja, hvis der er under 6 måneder mellem sidste negative test dato og prøvetagningsdato) |
| SE_Year |
Angivet årstal for prøvedato |
| SE_PrimaryHIV |
Havde patienten symptomatisk primær HIV-infektion?; Mulige svar: 0 - Nej, 1 - Ja |
| CD4 |
Resultat af CD4 måling; enheden er celler per mililiter |
| CD4_date |
Dato for CD4 måling |
| TDR_NRTI |
Transmitted drug resistence mutations (smitteoverførte resistens-mutationer); her angivet for nucleosid revers transkriptaseriptase hæmmere |
| TDR_NNRTI |
Transmitted drug resistence mutations (smitteoverførte resistens-mutationer); her angivet for non-nucleosid revers transkriptase hæmmere |
| TDR_PI |
Transmitted drug resistence mutations (smitteoverførte resistens-mutationer); her angivet for protease hæmmere |
| POL |
HIV-1 POL (Protease og Revers transkriptase gener) DNA sekvens fra prøven |
| POL_ekstra |
Eventuel yderligere HIV-1 POL (Protease og Revers transkriptase gener) DNA sekvens fra prøven |
| INT |
HIV-1 integrase gen DNA sekvens fra prøven |
| INT_ekstra_1 |
Eventuel yderligere HIV-1 integrase gen DNA sekvens fra prøven |
| INT_ekstra_2 |
Eventuel yderligere HIV-1 integrase gen DNA sekvens fra prøven |
| V3 |
HIV-1 V3 gen DNA sekvens fra prøven |
| V3_ekstra_1 |
Eventuel yderligere HIV-1 V3 gen DNA sekvens fra prøven |
| V3_ekstra_2 |
Eventuel yderligere HIV-1 V3 gen DNA sekvens fra prøven |