| Id |
Nøglefelt, internt nummer på isolatet |
| CPOid |
Nøglefelt, internt nummer på isolatet |
| SSI_id |
Nøglefelt, internt nummer på isolatet |
| Species |
Bakteriearter |
| CPRnr |
Link imellem isolat og inficeret/koloniseret patient |
| IsolatnrPat |
Status for isolat |
| IsolatnrPat_txt |
Tekst oversættelse af IsolatnrPat. Findes kun I arkiveringsversionen |
| Lokalnr |
Isolatets lokale prøvenummer |
| Provedato |
Dato hvor isolatet/prøven blev taget |
| Modtdato |
Dato hvor isolatet/prøven blev modtaget i Referencelaboratoriet for Antibiotikaresistens |
| Mibanr |
Primærdyrkningens nummer i den Danske Mikrobiologi database (Miba); ikke anvendt siden maj 2019 |
| Hospital |
Angivelse om prøven er taget på hospital (med angivelse af hvilket) eller hos privatpraktiserende læge |
| HospitalAfd |
Angivelse af patient-lokation (navn på hospitalsafdeling eller privatpraktiserende læge) på prøvetagningstidspunktet. Fritekst felt I indberetningen |
| KMA |
Angivelse af den klinisk mikrobiologiske afdeling der har sendt prøven ind (med automatisk kædning til relevant landsdel; se nedenstående og næste fane) |
| Landsdel |
Landsdel kædet til indsendende klinisk mikrobiologisk afdeling |
| Proveart |
Angivelse af primært prøvemateriale til dyrkning for bakterier |
| KliniskScreening |
Angivelse af om hvorvidt det vurderes at isolatet er årsag til infektion (Klinisk) eller kolonisation (Screening) |
| Rejse |
Angivelse af patientens rejsedestination hvis kendt |
| Carba_NP |
Angiver resultat heraf hvis udført. Ikke anvendt siden november 2017 |
| CarbapenemasePCR |
Angiver resultatet af internt udført CPO PCR hvis udført. Ikke anvendt siden februar 2019 |
| Kommentar |
Fritekstfelt til relevante kommentarer om isolatet |
| NGS_QC |
Beskrivelse af status for kvaliteten af helgenom-sekventeringen af isolatet |
| NGS_Core_runs |
Sekventeringsenhedens interne kørselsnummer |
| Platename |
Fra januar 2014 til november 2019: internt helgenoms sekventerings kørselsnummer; efter november 2019: Sekventeringsenhedens interne kørselsnummer |
| CarbapenemaseNGS |
Detekterede carbapenemase resistensgener |
| Andre_beta_lactam |
Detekterede non-ESBL/AmpC/carbapenemase resistensgener |
| Aminoglycoside |
Detekterede aminoglykosid resistensgener |
| Fluoroquinolone |
Detekterede fluorokinolon resistensgener |
| FluoroquinoloneAminoglycoside |
Detekterede fluorokinolon/aminoglykosid resistensgener |
| Fosfomycin |
Detekterede fosfomycin resistensgener |
| MLS |
Detekterede makrolid/lincosamid/streptogramin resistensgener |
| Phenicol |
Detekterede fenikol resistensgener |
| Rifampicin |
Detekterede rifampicin resistensgener |
| Sulphonamide |
Detekterede sulfonamid resistensgener |
| Tetracycline |
Detekterede tetracyklin resistensgener |
| Trimethoprim |
Detekterede trimethoprim resistensgener |
| MLST1 |
Detekteret Multi Locus Sequence Type |
| MLST2 |
Detekteret Multi Locus Sequence Type såfremt der for den pågældende art findes 2 officielle skemaer |
| cgMLST |
Detekteret core genome Multi Lotus Sequence Type |
| Plasmidtype |
Detekterede Inc inkompabilitets plasmid grupper |
| Colistin |
Detekterede colistin resistensgener |
| ColistinMutation |
Detekterede kromosomale mutationer associeret med colistin resistens |
| Udbrud |
Angiver det samme som feltet "MuligeUdbrud" men er dedikeret bekræftede udbrud |
| PatientUdbrudsnr |
Angiver det samme som feltet "MuligPatientUdbrudsnr" men er dedikeret bekræftede udbrud |
| ESBL_AmpC |
Detekterede ESBL- og/eller AmpC- resistensgener |
| MuligeUdbrud |
Angiver navn på et udbrud, isolatet vurderes at være relateret til |
| MuligPatientUdbrudsnr |
Angiver patient numer i udbrud registreret i feltet "MuligeUdbrud" |
| Anmeldelse1515Modtaget |
Angiver hvorvidt at SSI har modtaget en 1515 anmeldelse af CPO for den pågældende patient |
| Rykker1515Afsendt |
Angiver hvorvidt en rykkerskrivelse er afsendt såfremt der mangler en 1515 anmeldelse for den påældende patient |
| Dicillin_modtaget |
Registrering om patienten havde modtaget dicillin i forbindelse med et specifikt udbrud forårsaget af dicillin |
| CPO_detektion |
Anvendes til angivelse af metode til detektion af CPO fra indsendende KMAs side |
| CPO_resultat |
Angiver CPO resultat på basis af metode angivet i feltet "CPO_detektion" |
| DataUploadedTil |
Angiver til hvilken offentligt tilgængelig database helgenom sekvens data er uploadet |
| BioProjekt |
Angiver navn på Bioprojekt hvortil helgenom sekvens data er uploadet |
| PrimaerAccession |
Angiver det primære accession nummer i den offentligt tilgængelige database der er knyttet til helgenom sekvens data for det pågældende isolat |
| Navn |
Angiver anvendt navn på isolatet i den offentligt tilgængelige database hvortil helgenom sekvens data er uploadet |
| TypeData |
Angiver hvilket dataformat der er anvendt til upload af helgenom sekvens data til den offentligt tilgængelige database |
| InterntProjektnummer |
Angiver internt anvendt projektnummer hvortil isolatet er knyttet. |
| StiArtikel |
Angiver URL til den publikation hvortil helgenom sekvens data er knyttet |
| KendtPatient |
Angiver hvorvidt patienten tidligere er oprettet med poster i CPO databasen |
| Cefiderocol |
Målt zonediameter I mm for diskdiffusion |
| Konklusion_rejse |
Formodet smittested |
| Konklusion_kommentar |
Uddybende bemærkning om patienten |