| ID |
Nøglefelt, internt nummer på isolatet |
| SSI_id |
Nøglefelt, internt nummer på isolatet |
| CPRnr |
Link imellem isolat og inficeret/koloniseret patient |
| IsolatnrPat |
Status for isolat jvnf. "Beskrivelse" herunder |
| IsolatnrPat_txt |
Tekst oversættelse af IsolatnrPat. Findes kun I arkiveringsversionen |
| Lokalnr |
Isolatets lokale prøvenummer |
| Provedato |
Dato hvor isolatet/prøven blev taget |
| Modtdato |
Dato hvor isolatet/prøven blev modtaget i Referencelaboratoriet for Antibiotikaresistens |
| Mibanr |
Primærdyrkningens nummer i den Danske Mikrobiologi database (Miba); ikke anvendt siden maj 2019 |
| Hospital |
Angivelse om prøven er taget på hospital (med angivelse af hvilket) eller hos privatpraktiserende læge |
| HospitalAfd |
Angivelse af patient-lokation (navn på hospitalsafdeling eller privatpraktiserende læge) på prøvetagningstidspunktet |
| KMA |
Angivelse af den klinisk mikrobiologiske afdeling der har sendt prøven ind (med automatisk kædning til relevant landsdel; se nedenstående og næste fane) |
| Landsdel |
Landsdel kædet til indsendende klinisk mikrobiologisk afdeling |
| ESBL |
Angivelse af fortolkning af internt foretaget konfimatorisk disk diffusions test |
| AmpC |
Angivelse af fortolkning af internt foretaget konfimatorisk disk diffusions test |
| Kommentar |
Fritekstfelt til relevante kommentarer om isolatet |
| NGS_QC |
Beskrivelse af status for kvaliteten af helgenom-sekventeringen af isolatet |
| NGS_Core_runs |
Sekventeringsenhedens interne kørselsnummer |
| Platename |
Fra januar 2014 til november 2019: internt helgenoms sekventerings kørselsnummer; efter november 2019: Sekventeringsenhedens interne kørselsnummer |
| ESBL_AmpC |
Detekterede ESBL- og/eller AmpC- resistensgener |
| Carbapenemase |
Detekterede carbapenemase resistensgener |
| Andre_beta_lactam |
Detekterede non-ESBL/AmpC/carbapenemase resistensgener |
| KromosomalAmpC |
Detekterede kromosomale mutationer i AmpC attenuator region |
| Aminoglycoside |
Detekterede aminoglykosid resistensgener |
| Fluoroquinolone |
Detekterede fluorokinolon resistensgener |
| FluoroquinoloneAminoglycoside |
Detekterede fluorokinolon/aminoglykosid resistensgener |
| Fosfomycin |
Detekterede fosfomycin resistensgener |
| MLS |
Detekterede makrolid/lincosamid/streptogramin resistensgener |
| Phenicol |
Detekterede fenikol resistensgener |
| Rifampicin |
Detekterede rifampicin resistensgener |
| Sulphonamide |
Detekterede sulfonamid resistensgener |
| Tetracycline |
Detekterede tetracyklin resistensgener |
| Trimethoprim |
Detekterede trimethoprim resistensgener |
| MLST1 |
Detekteret Multi Locus Sequence Type ifølge Achtman skemaet |
| MLST2 |
Detekteret Multi Locus Sequence Type ifølge Pasteur skemaet |
| Plasmidtype |
Detekterede Inc inkompabilitets plasmid grupper |
| Colistin |
Detekterede colistin resistensgener |
| Fimtype |
Detekteret Fim type |
| cgMLST |
Detekteret core genome Multi Lotus Sequence Type |
| DataUploadedTil |
Angiver til hvilken offentligt tilgængelig database helgenom sekvens data er uploadet |
| BioProjekt |
Angiver navn på Bioprojekt hvortil helgenom sekvens data er uploadet |
| PrimaerAccession |
Angiver det primære accession nummer i den offentligt tilgængelige database der er knyttet til helgenom sekvens data for det pågældende isolat |
| Navn |
Angiver anvendt navn på isolatet i den offentligt tilgængelige database hvortil helgenom sekvens data er uploadet |
| TypeData |
Angiver hvilket dataformat der er anvendt til upload af helgenom sekvens data til den offentligt tilgængelige database |
| InterntProjektnummer |
Angiver internt anvendt projektnummer hvortil isolatet er knyttet. |
| StiArtikel |
Angiver URL til den publikation hvortil helgenom sekvens data er knyttet |