| VREnr |
Nøglefelt, internt nummer på isolatet |
| CPRnr |
Link imellem isolat og inficeret/koloniseret patient |
| IsolatnrPat |
Status for isolat jvnf. "Beskrivelse" herunder |
| IsolatnrPat_txt |
Tekst oversættelse af IsolatnrPat. Findes kun I arkiveringsversionen |
| Refnr |
Angiver barcode nr på SSI seddel hvis benyttet; ikke anvendt siden juni 2021 |
| Lokalnr |
Isolatets lokale prøvenummer |
| Hvidovre_VREnr |
Angiver internt KMA Hvidovre prøve nr til identifikation af isolater der skal sendes til SSI; ikke anvendt siden september 2022 |
| Provedato |
Dato hvor isolatet/prøven blev taget |
| Modtdato |
Dato hvor isolatet/prøven blev modtaget i Referencelaboratoriet for Antibiotikaresistens |
| Mibanr |
Primærdyrkningens nummer i den Danske Mikrobiologi database (Miba); ikke anvendt siden maj 2019 |
| Species |
Angiver hvilken Enterococcus species der er fremsendt til SSI |
| VanA_B_C1_eller_C23 |
Detekteret vancomycin resistensgen ved helgenom sekventering |
| VanTransposon |
Detekteret vancomycin resistensgen-relateret transposon ved helgenom sekventering |
| Aminoglycoside |
Detekterede aminoglykosid resistensgener |
| Lincosamide |
Detekterede lincosamid resistensgener |
| Macrolide |
Detekterede macrolid resistensgener |
| Tetracycline |
Detekterede tetracyklin resistensgener |
| Trimethoprim |
Detekterede trimethoprim resistensgener |
| Phenicol |
Detekterede fenikol resistensgener |
| Linezolid |
Anvendes til angivelse af linezolid følsomhed/resistens |
| LinezolidMutation |
Detekteret kromosomal mutation associeret med linezolid resistens |
| MLST |
Detekteret Multi Locus Sequence Type |
| cgMLST |
Detekteret core genome Multi Lotus Sequence Type |
| Proveart |
Angivelse af primært prøvemateriale til dyrkning for bakterier |
| ProvematGruppe |
Angiver art af primært prøvemateriale kædet til tabel under feltet "Proveart" |
| KliniskScreening |
Angivelse af om hvorvidt det vurderes at isolatet er årsag til infektion (Klinisk) eller kolonisation (Screening) |
| Kategori |
Angiver prøvens kategori jvnf. nedenstående |
| KMA |
Angivelse af den klinisk mikrobiologiske afdeling der har sendt prøven ind (med automatisk kædning til relevant landsdel; se nedenstående og næste fane) |
| Landsdel |
Landsdel kædet til indsendende klinisk mikrobiologisk afdeling |
| HospitalAfd |
Angivelse af patient-lokation (navn på hospital/hospitalsafdeling eller privatpraktiserende læge) på prøvetagningstidspunktet |
| Species_PCR_Dato |
Dato for udførelse af in house PCR til detektion af Enterococcus species; ikke udført/anvendt siden marts 2020 |
| Vanco_gen_PCR_Dato |
Dato for udførelse af in house PCR til detektion af vancomycin resistensgen; ikke udført/anvendt siden marts 2020 |
| Kommentar |
Fritekstfelt til relevante kommentarer om isolatet |
| NGS_QC |
Beskrivelse af status for kvaliteten af helgenom-sekventeringen af isolatet |
| NGS_Core_runs |
Sekventeringsenhedens interne kørselsnummer |
| Platename |
Fra januar 2014 til november 2019: internt helgenoms sekventerings kørselsnummer; efter november 2019: Sekventeringsenhedens interne kørselsnummer |
| DataUploadedTil |
Angiver til hvilken offentligt tilgængelig database helgenom sekvens data er uploadet |
| BioProjekt |
Angiver navn på Bioprojekt hvortil helgenom sekvens data er uploadet |
| PrimaerAccession |
Angiver det primære accession nummer i den offentligt tilgængelige database der er knyttet til helgenom sekvens data for det pågældende isolat |
| Navn |
Angiver anvendt navn på isolatet i den offentligt tilgængelige database hvortil helgenom sekvens data er uploadet |
| TypeData |
Angiver hvilket dataformat der er anvendt til upload af helgenom sekvens data til den offentligt tilgængelige database |
| InterntProjektnummer |
Angiver internt anvendt projektnummer hvortil isolatet er knyttet. |
| StiArtikel |
Angiver URL til den publikation hvortil helgenom sekvens data er knyttet |
| CT_Group |
Angiver til hvilken Clonal Type (CT) isolatet tilhører |